长江水系及其附属湖泊中，共有鱼类350种左右，其中淡水鱼有324种，远超我国其它江河的淡水鱼总数。在河口区，有16种生活在咸淡水区域的鱼类；过河口的洄游性鱼类有10种，如松江鲈、鳗鲡，以及溯河洄游的鲥鱼和中华鲟等。
长江的主要鱼种包括：
1. 中华鲟：中华鲟是长江中最大的鱼，属于硬骨鱼纲鲟科的鱼类，有“长江鱼王”的称呼。它头较尖，整体呈纺锤形，吻部很长。作为底栖鱼类，食性狭窄，主要以甲壳动物和鱼类为食，产卵期停食。
2. 银鱼：银鱼的身体细长，呈圆筒形，体长只有12厘米左右。这种鱼一般栖息在水底的中下层，很少到上层活动，平时会躲在水草中，具有一定的趋光性。其繁殖能力惊人，入冬前会大量繁殖，可以持续3-4个月。
3. 鲥鱼：鲥鱼是一种生活在海水的鱼类，春末夏初会溯河洄游进行繁殖。幼鱼躲在江湖中生长，长到150毫米的时候入海。这种鱼在我国很多水域中都有分布，多以浮游生物为食，也可以吃硅藻和虾类等。
4. 鮰鱼：鮰鱼的学名是长吻鮠，是一种底层鱼类，通常在水流缓慢的河湾处生活，白天会潜伏在水底，到了晚上会出来觅食。它多以水生昆虫以及甲壳类动物为食，虽然在我国很多水域都有分布，但以长江水系为主。
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